ZJU je ohranil pravilo dvostopenjskega odločanja o pravicah in obveznostih javnih uslužbencih pri delodajalcu in s tem načelo dokončnosti v postopku varstva pravic javnim uslužbencem. Glede na veljavnost drugega dela ZJU, v katerem je urejeno področje varstva pravic zaposlenih, gre za ureditev, ki velja za javne uslužbence, ki so zaposleni v državnih organih¹ in v upravah samoupravnih lokalnih skupnosti. Na podlagi posebne ureditve ZJU imajo javni uslužbenci v navedenih organih možnost pri delodajalcu uveljavljati varstvo svojih pravic na naslednji način:

• Če javni uslužbenec meni, da delodajalec ne izpolnjuje obveznosti iz delovnega razmerja ali krši katero od njegovih pravic iz delovnega razmerja, ima pravico zahtevati, da delodajalec kršitev odpravi oziroma da svoje obveznosti izpolni. Rok za izpolnitev obveznosti oziroma odpravo kršitve je 15 dni.² V osmih dneh po preteku tega roka ima javni uslužbenec pravico vložiti pritožbo na komisijo za pritožbe.³ V tem primeru gre za odpravo kršitev pravic, ki jih delodajalec javnemu uslužbencu stori z nekim svojim ravnanjem ali z opustitvijo dolžnega ravnanja. Javni uslužbenec ima pravico zahtevati, da delodajalec izpolni obveznosti ali odpravi kršitve iz delovnega razmerja. Če delodajalec tega ne stori v 15 dneh ali odloči tako, da javni uslužbenec ni zadovoljen z odločitvijo, lahko javni uslužbenec vloži pritožbo na komisijo za pritožbe.
• Javni uslužbenec lahko zoper konkretno odločitev delodajalca o pravici oziroma obveznosti iz delovnega razmerja vloži pritožbo v osmih dneh od vročitve pisnega sklepa o pravici oziroma obveznosti iz delovnega razmerja, če zakon ne določa drugače. Pritožba ne zadrži izvršitve odločitve o pravici oziroma obveznosti iz delovnega razmerja javnega uslužbenca, razen v primeru prenehanja delovnega razmerja.⁴

Komisija za pritožbe lahko na predlog javnega uslužbenca zadrži izvršitev odločitve o pravici oziroma obveznosti iz delovnega razmerja, če oceni, da bi lahko z izvrševanjem nastale težko popravljive posledice.

Zoper sklep o pravici oziroma obveznosti iz delovnega razmerja je dovoljeno sodno varstvo pred delovnim sodiščem pod pogojem, da je javni uslužbenec izkoristil možnost pritožbe.⁵

V primerih, ko se o pravicah oziroma obveznostih po tem zakonu odloča z upravno odločbo, je zoper odločbo dovoljena pritožba v skladu z zakonom, ki ureja splošni upravni postopek, če ta zakon ne določa drugače; zoper dokončno odločbo je dovoljen upravni spor. Sodno varstvo v upravnem sporu lahko javni uslužbenec zahteva v roku, določenem z zakonom, ki ureja upravni spor.⁶ Upravno sodišče je torej pristojno, če gre za upravno odločbo (npr. odločbo o izbiri uradnika - 63. člen ZJU ali odločbo o imenovanju v naziv - 84. člen ZJU). Javni uslužbenec s pritožbo izpodbija odločbo v skladu z določili Zakona o splošnem upravnem postopku, zoper dokončno odločbo pa je dovoljen upravni spor.

Sodno varstvo pred pristojnim sodiščem lahko javni uslužbenec zahteva v 30 dneh od dneva vročitve sklepa komisije za pritožbe oziroma od dneva, ko poteče rok za izdajo sklepa komisije za pritožbe. Če zoper sklep ni dovoljena pritožba, začne teči rok iz tega odstavka z vročitvijo sklepa prve stopnje.⁷ V zvezi s tekom roka za vložitev tožbe na sodišče po vložitvi pritožbe na komisijo za pritožbe je tudi sodna praksa postala enotna,⁸ da ima javni uslužbenec v tem primeru dvojni rok za vložitev tožbe, in sicer lahko vloži tožbo v 30 dneh od dneva, ko poteče rok za izdajo sklepa komisije za pritožbe⁹, in tudi v 30 dneh od dneva vročitve sklepa komisije za pritožbe, četudi komisija za pritožbe svojo odločitev sprejme in vroči sklep o svoji odločitvi po preteku zakonskega roka za sprejem odločitve o pritožbi.

O pritožbi odloča Komisija za pritožbe. Teh komisij je več, in sicer komisija za pritožbe pri vladi odloča za javne uslužbence državne uprave, pravosodne organe in uprave lokalnih skupnosti; komisija za pritožbe pri državnem organu pa odloča za javne uslužbence v enem ali več državnih organih.¹⁰ Pristojnost Komisije Vlade RS za pritožbe iz delovnih razmerij za obravnavo pritožb javnih uslužbencev, ki so zaposleni v upravah lokalnih skupnosti, je začasna, saj ZJU v tretji točki drugega odstavka 35. člena določa, da o pritožbah javnih uslužbencev, ki so zaposleni pri upravah lokalne skupnosti, odloča komisija za pritožbe pri reprezentativnih združenjih lokalnih skupnosti, če se ta komisija ne organizira, pa odloča o pritožbah komisija za pritožbe pri vladi.